Mikroskop elektronowy potwierdził również przypuszczenia cytologów co do istnienia niewidzialnej struktury cytoplazmy — jej szkieletu. Liczne komórki są wyposażone w złożony system błon, niewidocznych pod mikroskopem optycznym. Część tych błon to tzw. błony gład-k i e, część natomiast ma powierzchnię pokrytą drobnymi kuleczkami i stąd nosi nazwę błon szorstkich. Układ błon w cytoplazmie komórki otrzymał nazwę siateczki, czyli retikulum endoplazma-tycznego. Przypuszcza się, że błony te stanowią drogę transportu substancji pobieranych przez komórkę z otoczenia i kierowanych do błony jądrowej. Niektórzy badacze utrzymują nawet, że błony wewnętrzne zachowują ciągłość z błoną komórkową, tak jak to zaznaczono na rysunku na str. 8. Rezultatem takiego wgłębienia się i pofałdowania błony komórkowej byłaby znacznie większa powierzchnia komórki, mająca kontakt ze środowiskiem zewnętrznym, oraz możliwość regeneracji uszkodzonej błony wewnątrz komórki, a więc w miejscu, gdzie procesy metaboliczne zachodzą najintensywniej. Błony gładkie znajdują się w tej okolicy komórki, gdzie po specjalnym jej zabarwieniu można pod mikroskopem optycznym dostrzec wspomniany już aparat siateczkowy Golgiego. Poza tym w bliskim sąsiedztwie błon gładkich występują niekiedy liczne mikropęcherzyki. Uważa się, że ta część cytoplazmy jest związana głównie z procesem wydzielania komórkowego, a produkt wydzielany przez komórkę zostaje zmagazynowany właśnie w owych pęcherzykach. Bardzo ciekawe okazały się niewielkich rozmiarów kuleczki ułożone na wewnętrznej powierzchni niektórych błon i nadające im szorstkość. Zawierają one kwas nukleinowy, tzw. kwas rybonukleinowy, który w dalszym ciągu będziemy w skrócie nazywali RNA (z angielskiego ribonucleic acid). Z tej racji kuleczki te otrzymały nazwę rybosomów. Biorą one udział w procesach produkcji białka w komórce.