Dość łatwo można od mitochondriów i chloroplastów odróżnić lizosomy — organella podobnej wielkości, lecz nie mające tak zorganizowanej struktury wewnętrznej. Mikroskop elektronowy ujawnia lizosom jako twór na przekroju okrągły lub owalny, otoczony błonką o pojedynczym zarysie. Wewnątrz lizosomów znajdują się enzymy powodujące rozpad złożonych cząsteczek chemicznych, takich jak tłuszcze czy białka. Pojedyncza błonka lizosomu izoluje zawarte w nim enzymy trawienne od pozostałej zawartości cytoplazmy. Uszkodzenie jej powoduje rozprzestrzenienie się enzymów w komórce, co po pewnym czasie prowadzi do samostrawienia się komórki, czyli tzw. autolizy. W związku z tym pewien badacz nazwał lizosomy „samobójczymi woreczkami". Śmierć komórki bywa niekiedy zjawiskiem fizjologicznym. W czasie rozwoju zarodkowego różne narządy zanikają, a na ich miejsce powstają nowe, ostateczne. W życiu organizmu dojrzałego obserwuje się również procesy zanikowe, przykładem czego może być częściowy zanik gruczołu mlekowego po okresie karmienia. Być może, że czynną w tych procesach rolę odgrywają właśnie lizosomy. Ponieważ większość tych zjawisk pozostaje w zależności od działania takich substancji, jak hormony czy niektóre witaminy, uważa się, że lizosomy są wewnątrzkomórkowym aparatem będącym „punktem uchwytu" działania tych substancji. Wydaje się jednak, że zasadnicza funkcja lizosomów wiąże się z trawieniem wewnątrzkomórkowym substancji, które komórka wchłania z otaczającego ją środowiska. Substancje te, przemieszczone do wnętrza komórki, przybierają postać mikropęcherzyków i powoli wędrują w kierunku jądra komórkowego. Następnie prawdopodobnie zostają „wchłonięte" do lizosomów, gdzie zawarte w mikropęcherzykach substancje złożone, jak białka czy wielocukry, ulegają rozłożeniu na prostsze związki chemiczne, które komórka jest w stanie wyzyskiwać na własne potrzeby. Proces ten nie jest jednak dotychczas dokładnie poznany. O istotnej roli lizosomów w procesach trawienia świadczy liczne ich występowanie w komórkach, które z racji swej czynności w organizmie muszą trawić duże ilości substancji. Do tego typu należą komórki układu ochronnego organizmu, tzw. makrofagi, pochłaniające i niszczące m. in. bakterie. W komórkach owych lizosomy są szczególnie liczne.