Na początku rozdziału wspominaliśmy o procesie fagocytozy. Zjawisko to odgrywa w biologii bardzo istotną rolę, gdyż jest nie tylko formą zdobywania przez komórki pokarmu, ale powstaje również w związku z obroną organizmu przed zakażeniem bakteryjnym. Charakterystyczny obraz zapalenia pewnych tkanek jest właśnie ilustracją pola walki pomiędzy drobnoustrojami chorobotwórczymi, które wniknęły do organizmu, a komórkami spełniającymi rolę obrońców organizmu przed ową inwazją. Badania mikroskopowe okolicy, w której występuje proces zapalny, ujawnia dużą ilość komórek określanych mianem żernych lub fagocytów. Są to komórki, które normalnie występują we krwi oraz w wielu narządach w ilościach jednak znacznie mniejszych niż w tkance objętej procesem zapalnym. Wtargnięcie drobnoustrojów powoduje gromadną wędrówkę tych komórek — przeważnie naczyniami krwionośnymi i limfatycznymi — do zaatakowanego miejsca. Tutaj, w miejscu inwazji bakterii, zasadniczą ich funkcją jest fagocytowanie i trawienie w swej cytoplazmie drobnoustrojów. Zadaniem błony komórkowej fagocytów jest zarówno rozpoznawanie obcych dla organizmu cząsteczek, jak też i czynny udział w samym procesie przemieszczania ich do wnętrza komórki. Bakterie nie zawsze są jednak zupełnie bezbronne. Bronią się w różnoraki sposób. Często z martwych rozpadłych bakterii uwalniają się substancje noszące nazwę agresyn, które „odpychają" zbliżające się komórki żerne, uniemożliwiając im fagocytozę bakterii żywych. Inny rodzaj broni drobnoustrojów to wydzielanie przez niektóre z nich specjalnych substancji, tzw. leukocytydyn, które potrafią uszkadzać, a nawet zabijać fagocyty. Jednakże organizm wspomaga fagocyty, produkując opsoniny — substancje osłabiające siły bakterii, a więc ułatwiające fagocytozę. Nazwa tych substancji pochodzi stąd, że działają na bakterie, czyniąc je jak gdyby „smaczniejszymi" dla komórek żernych (po grecku opson oznacza przyprawa).