Jajnik wytwarza kilka czynnych substancji, które wywierają wpływ na cały organizm, ale najbardziej uwidacznia się on w obrębie narządów płciowych zewnętrznych i wewnętrznych. Zarówno pęcherzyk Graafa, jak i później wytworzone ciałko żółte są producentami hormonów. Otrzymany związek nazwano folikuliną. Do dziś nie wiadomo na pewno, które części jajnika produkują ten hormon. Duża ilość folikuliny w pęcherzykach Graafa wydaje się wskazywać miejsce jej wytwarzania, ale z drugiej strony zniszczenie promieniami Roentgena pęcherzyków nie hamuje występowania rui u zwierząt. Może to jednak być uwarunkowane wpływami układu nerwowego. Folikuliną jest bardzo rozpowszechniona w przyrodzie. Znaleziono ją w moczu i we krwi ciężarnych samic oraz w łożysku; występuje też w jądrach i w moczu samców, w ciele niektórych bezkręgowców, bakterii i pierwotniaków; odkryto ją także w pewnych roślinach, takich jak palma i wierzba. Ciała rujotwórcze można uzyskać również z wielu innych źródeł. Bogatymi w te związki okazały się węgiel brunatny, nafta i torf. Folikuliną jest mieszaniną kilku czynnych substancji; najsilniejsze działanie wykazuje substancja nazwana estradiolem. Folikuliną u zwierząt niedojrzałych powoduje rozwój macicy i gruczołów mlecznych oraz wytwarzanie II-rzędowych cech płciowych. Poznawszy budowę chemiczną estrogenów, czyli ciał czynnych produkowanych między innymi przez pęcherzyk Graafa, można obecnie substancje te otrzymać w drodze syntetycznej. Drugim hormonem wyosobnionym z jajnika jest progesteron, produkowany przez ciałko żółte. Obecnie można również uzyskać syntetycznie ten związek. Progesteron powoduje rozrost śluzówki macicy przygotowując ją na ewentualne przyjęcie zapłodnionego jaja, hamuje ruję i jajeczkowanie, działa pobudzająco na rozwój gruczołów mlecznych. Czynność jajnika, a zarazem wydzielanie hormonów pozostaje pod bezpośrednim wpływem przysadki mózgowej. Naczelny ten gruczoł wydzielania wewnętrznego decyduje w dużym stopniu o prawidłowym rozwoju i czynnościach gruczołów płciowych. Badania wykazały, że usunięcie operacyjne przysadki mózgowej niedojrzałym płciowo zwierzętom powoduje znaczne zahamowanie rozwoju gonad. Pomiędzy jajnikami a przysadką mózgową istnieje pewna współzależność ;— stan równowagi. W przysadce wyodrębniono dwie czynne substancje działające na jajnik. Są to tzw. hormony gonadotropowe. Jeden z nich wpływa na wzrost i dojrzewanie pęcherzyków Graafa, drugi pobudza do czynności ciałko żółte. Nadmiar hormonów estrogennych produkowanych przez pęcherzyki Graafa jest sygnałem dla przysadki mózgowej, która zmniejsza wówczas wydzielanie czynnych substancji pobudzających jajnik do wydzielania folikuliny; zachodzi też zjawisko odwrotne: w razie małej ilości estrogenów w ustroju, przysadka wydziela więcej hormonów gonadotropowych, działających na czynność wydzielniczą jajnika. Podobnie sprawa wygląda z wpływem hormonów gonadotropowych na ciałko żółte. Hormon gonadotropowy działający na pęcherzyk Graafa nazwano FSH (folikulostymuliną), natomiast substancję wpływającą na działanie ciałka żółtego — LH (hormonem luteinizującym). Na prawidłową czynność gonad oprócz przysadki mózgowej mają wpływ i inne gruczoły wydzielania wewnętrznego, mianowicie tarczyca, grasica i nadnercza. Tarczyca bierze czynny udział w regulowaniu czynności jajników. W przypadku wrodzonego braku tarczycy lub usunięcia jej przed okresem dojrzewania rozwój jajników ulega zahamowaniu, usunięcie gruczołu tarczowego w okresie aktywności płciowej powoduje zanik jajników. Zwierzęta z usuniętą tarczycą nie reagują na działanie hormonów gonadotropowych przysadki mózgowej. Na prawidłową czynność jajników ma także duży wpływ ośrodkowy układ nerwowy. Również niedobór pewnych witamin, jak E, A, B, C może być powodem zaburzeń w czynności gonad.